(본 글은 Linux, Mac OS 머신을 기준으로 작성한 글이다)
Shell command 로 출력되는 것을 R에서 보기 위한 방법은 없을까?
예를 들어 워킹디렉토리의 파일리스트를 출력하기 위해선 쉘에다서 간단히
ls, 아니면 ls -al 등으로 참조할 수 있지만
Rstudio 를 사용하고 있는 상황이 아니고선 R command 상황에서 파일리스트를
참조하기는 좀 그렇다.
굳이 찾아본다면 Shell 의 ls -al 와 같은 R코드는
file.info(list.files(all.files = T))## size isdir mode mtime ctime
## . 204 TRUE 755 2017-05-04 14:28:32 2017-05-04 14:28:32
## .. 1394 TRUE 755 2017-05-04 13:54:18 2017-05-04 13:54:18
## .DS_Store 6148 FALSE 644 2017-05-04 14:28:32 2017-05-04 14:28:32
## Rmarkdown.Rmd 4451 FALSE 755 2017-05-04 14:12:34 2017-05-04 14:12:34
## Rmarkdown.html 1037047 FALSE 666 2017-05-04 14:12:41 2017-05-04 14:12:41
## Rmarkdown.md 7150 FALSE 666 2017-05-04 14:12:41 2017-05-04 14:12:41
## atime uid gid uname grname
## . 2017-05-04 14:30:01 501 20 lovetoken staff
## .. 2017-05-04 13:56:14 501 20 lovetoken staff
## .DS_Store 2017-05-04 14:11:18 501 20 lovetoken staff
## Rmarkdown.Rmd 2017-05-04 14:30:01 501 20 lovetoken staff
## Rmarkdown.html 2017-05-04 14:28:33 501 20 lovetoken staff
## Rmarkdown.md 2017-05-04 14:13:27 501 20 lovetoken staff등을 예시로 들 수 있는데 딱 봐도 마음에 들지 않는다 😨
불필요하게 길은 코드인 것 뿐만아니라
Shell 의 ls 만의 기능을 R의 list.files()
함수가 가지고 있지 못하다.
이처럼 R에서 대체할 수 있는 함수나 코드를 찾기보단 아예 R내에서 Shell
command를 실행할 수 있는 방법이 없을까 고민해 보았다.
이것저것 찾아보았는데 system() 함수를 이용하는 방법이 있어
정리해 본다.
R에서 Shell command 입력해 표준출력 조회하기
system("ls -al")
system("pwd")
system("echo Hello world!")사용방법은 system() 함수의 첫번째 인자인 expression 을
Shell command 로 채워 넣어주면 된다.
아쉽지만 문자열만을 받아들이기 때문에 “” 로 양 옆을 채워야 한다.
현재 글에선 출력결과를 생략하였지만 실제로 R에서 실행 시 원하는
표준출력(stdout)을 볼 수 있다.
Shell
출력물을 R에서 바로 이용하기 위한 intern = TRUE
위의 예제에서 본 출력물을 R 내에서 character 형으로 바로 사용하기
위해선 R의 컨테이너에 저장되어야 한다.
하지만 system() 함수를 이용한 기본출력은 벡터형으로
반환되지 않는다.
출력은 출력일 뿐인 이것을 벡터형으로 반환시키기 위해선
intern = TRUE 로 설정하면 된다.
system("ls -al", intern = T)## [1] "total 2080"
## [2] "drwxr-xr-x@ 6 lovetoken staff 204 May 4 14:28 ."
## [3] "drwxr-xr-x@ 41 lovetoken staff 1394 May 4 13:54 .."
## [4] "-rw-r--r--@ 1 lovetoken staff 6148 May 4 14:28 .DS_Store"
## [5] "-rwxr-xr-x@ 1 lovetoken staff 4451 May 4 14:12 Rmarkdown.Rmd"
## [6] "-rw-rw-rw-@ 1 lovetoken staff 1037047 May 4 14:12 Rmarkdown.html"
## [7] "-rw-rw-rw-@ 1 lovetoken staff 7150 May 4 14:12 Rmarkdown.md"system("pwd", intern = T)## [1] "/Users/lovetoken/Desktop/Dropbox/02_Study/01_Statistic/31_R/11_R_posting/01_function/system"system("echo Hello world!", intern = T)## [1] "Hello world!"Shell 표준출력을 R과 함께 이용
이점을 이용하여 R과 Shell 의 캐미를 만들 수 있을 것이다.
ex1) R 에서의 ‘Hello’ 와 Shell 에서의 ‘R!’ 을 붙여 ‘Hello R!’ 완성시키기
R <- "Hello "
Shell <- system("echo R!", intern = T)
paste0(R, Shell)## [1] "Hello R!"ex2) R에서 생성한 규칙적 문자열 데이터들로 폴더 생성하기
R에서 준비된 날짜명칭들을 이용해 Shell mkdir 명령어와
혼합하여 폴더들을 생성해보는 예제이다.
우선 현 워킹디렉토리의 상황을 조회해보면
system("ls -al", intern = T)## [1] "total 2080"
## [2] "drwxr-xr-x@ 6 lovetoken staff 204 May 4 14:28 ."
## [3] "drwxr-xr-x@ 41 lovetoken staff 1394 May 4 13:54 .."
## [4] "-rw-r--r--@ 1 lovetoken staff 6148 May 4 14:28 .DS_Store"
## [5] "-rwxr-xr-x@ 1 lovetoken staff 4451 May 4 14:12 Rmarkdown.Rmd"
## [6] "-rw-rw-rw-@ 1 lovetoken staff 1037047 May 4 14:12 Rmarkdown.html"
## [7] "-rw-rw-rw-@ 1 lovetoken staff 7150 May 4 14:12 Rmarkdown.md"폴더따윈 없다.
최근 3일치 날짜명칭들을 R을 통해 만들고
Shell 에서 폴더를 만드는 명령어인 mkdir 과 결합하여
최종적으로 "mkdir 2017-05-02 2017-05-03 2017-05-04"
명령어를 만들어 실행시키는 코드이다.
date <- seq(Sys.Date() - 2, Sys.Date(), by = 1) %>% paste(collapse = " ")
paste("mkdir", date) %>% system(intern = T)## character(0)실행 이후 최근 3일치 명칭 폴더 3개가 잘 만들어 졌는지 확인해 보면
system("ls -al", intern = T)## [1] "total 2080"
## [2] "drwxr-xr-x@ 9 lovetoken staff 306 May 4 14:30 ."
## [3] "drwxr-xr-x@ 41 lovetoken staff 1394 May 4 13:54 .."
## [4] "-rw-r--r--@ 1 lovetoken staff 6148 May 4 14:28 .DS_Store"
## [5] "drwxr-xr-x 2 lovetoken staff 68 May 4 14:30 2017-05-02"
## [6] "drwxr-xr-x 2 lovetoken staff 68 May 4 14:30 2017-05-03"
## [7] "drwxr-xr-x 2 lovetoken staff 68 May 4 14:30 2017-05-04"
## [8] "-rwxr-xr-x@ 1 lovetoken staff 4451 May 4 14:12 Rmarkdown.Rmd"
## [9] "-rw-rw-rw-@ 1 lovetoken staff 1037047 May 4 14:12 Rmarkdown.html"
## [10] "-rw-rw-rw-@ 1 lovetoken staff 7150 May 4 14:12 Rmarkdown.md"잘 만들어 진 것을 볼 수 있다.
정리
필자는 Shell 에 대해 완전 초급자여서 즐겨 쓰는 명령어 몇 개 이외에 잘
아는것이 없다.
따라서 예제도 저 정도의 수준의 예제 외에 생각나는 아이디어가 바닥이
나버렸다. 😓
하지만 Shell 고수분들은 응용력과 잠재력이 대단할 것인데 R과의 연동된
좋은 아이디어들을 구현할 수 있을 것 같아 감히 system()
함수를 소개한다.